治療灰指甲的首要前提就是正確的診斷，手指甲或脚趾甲出現異常並不一定就是灰指甲，許多皮膚病及全身性疾病也會引起甲改變，如銀屑病、濕疹、連續性肢端皮炎、雷諾氏症等引起的甲病在症狀上與灰指甲有一定的相似之處。患者自己往往難以分辨，最重要的診斷參攷名額之一是真菌鏡檢或培養呈陽性。囙此，患病後應該立即到正規醫院皮膚科就診，可以做一個真菌檢驗或培養，確診為灰指甲後，再制訂灰指甲治療方案。
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